京都大学には「吉田」「宇治」「桂」の3つのキャンパスがあり、またいくつかの施設は日本各地に点在しています。また、吉田キャンパスは、7つの構内に分かれています。  以下の表から、各研究所・センターがどのキャンパスにあるかがわかります（五十音順） iPS細胞研究所 | | 606-8507 | 京都市左京区聖護院川原町53 | ウイルス・再生医科学研究所 | | 606-8507 | 京都市左京区聖護院川原町53 | エネルギー理工学研究所 | | 611-0011 | 宇治市五ヶ庄 | 化学研究所 | | 611-0011 | 宇治市五ヶ庄 | 学術情報メディアセンター(北館) | | 606-8501 | 京都市左京区吉田本町 | 学術情報メディアセンター(南館) | | 606-8501 | 京都市左京区吉田二本松町 | 基礎物理学研究所 | | 606-8502 | 京都市左京区北白川追分町 | 経済研究所 | | 606-8501 | 京都市左京区吉田本町 | 複合原子力科学研究所 | | 590-0494 | 大阪府泉南郡熊取町朝代西二丁目 | 高等研究院
物質-細胞統合システム拠点 | | 606-8501 | 京都市左京区吉田牛ノ宮町 | こころの未来研究センター | | 606-8501 | 京都市左京区吉田下阿達町46 | 人文科学研究所 | | 606-8501 | 京都市左京区吉田本町 | 人文科学研究所附属
東アジア人文情報学研究センター | | 606-8265 | 京都市左京区北白川東小倉町47 | 数理解析研究所 | | 606-8502 | 京都市左京区北白川追分町 | 生存圏研究所 | | 611-0011 | 宇治市五ヶ庄 | 生態学研究センター | | 520-2113 | 大津市平野2-509-3 | 東南アジア地域研究研究所 | | 606-8501 | 京都市左京区吉田下阿達町46 | フィールド科学教育研究センター | | 606-8502 | 京都市左京区北白川追分町 | 防災研究所 | | 611-0011 | 宇治市五ヶ庄 | 野生動物研究センター | | 606-8203 | 京都市左京区田中関田町2-24 | 霊長類研究所 | | 484-8506 | 犬山市官林41-2 |
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